Проведен сравнительный генетический анализ детерминированной изменчивости у овец чуйского экотипа казахской мясо-шерстной полутонкорунной породы на основе методов молекулярно-генетических маркеров крови. Дана оценка аллельных различий половозрастных групп животных для породной и популяционной идентификации. Определены генетическое равновесие по системам крови, число эффективно действующих аллелей, влияние селекционного процесса на генетическую структуру овец. Маркерные гены можно использовать для контроля сочетаемости исходных родительских форм в селекционном процессе.