Дан анализ структурно-функциональной организации гомологичных генов и продуктов их экспрессии в различных таксономических группах. Выявлена связь содержания нуклеотидов А, Т, Г, С в функциональных геномах, названная правилом четырех нуклеотидов (ПЧН). Правило справедливо при многократном изменении содержания отдельных нуклеотидов в генах и не зависит от функции участка ДНК. Гены тРНК и рРНК подчиняются ПЧН, однако имеются особенности в параметрах зависимости. Геномы хлоропластов, митохондрий и ядер по нуклеотидному составу удовлетворяют ПЧН. Белоккодирующие гены определяют параметры линейной регрессии, отражающей соотношение нуклеотидов в ДНК геномов. Обнаружено новое свойство генетического кода, с помощью которого гидропатичность белков закономерно связана с нуклеотидным составом ДНК.