Определение структуры популяций возбудителей наиболее опасных бактериальных болезней пшеницы
Full Name of the work head: Сапахова Загипа Бейсеновна
Исполнители проекта:
: Республиканское Государственное предприятие на праве хозяйственного ведения "Институт Биологии и биотехнологии растений"
Inventory number: 0222РК00090
Registration number: 0121РК00749
Keywords: базальный бактериоз,бактериальные болезни,дикорастущие злаки,популяционная структура,популяция бактерии,потовары возбудителей,пшеница,черный бактериоз
Всего были собраны 93 растительных образца с симптомами бактериальных болезней у злаковых культур образцов на западе и севере Казахстана и выделено 120 образцов ДНК. Идентифицированы бактериозы, заражающие злаковые культуры с использованием последовательностей ITS региона. Идентифицирован возбудитель базального бактериоза (Pseudomonas syringae) в образцах из Карагандинской и Костанайской областей, что подтверждается результатами секвенирования видоспецифичного участка генома данной бактерии. Были идентифицированы тандемные повторы в геномах возбудителей чёрного и базального бактериозов, определена структура популяций и разработаны схемы ПЦР для детекции и дифференциации возбудителей. Были выполнены термодинамические расчеты и моделирование праймеров с использованием ПО FastPCR. Научная новизна заключается в разработке метода молекулярно-генетической идентификации бактериозов злаковых культур высокоспецифичными методами экстремальной полимеразной реакции (XCR) и методом изотермической амплификации ДНК (LAMP).
Были определены патовары в популяции чёрного и базального бактериозов и разработаны экспресс-методы для их детекции, разработана мультиплексная ПЦР тест система для выявления полиморфизма тандемных повторов в бактериальных геномах для идентификации штаммов возбудителей чёрного и базального бактериозов пшеницы и определена популяционная структура Xanthomonas translucens и Pseudomonas syringae с использованием маркеров для тандемных повторов