Проведен анализ проростковой устойчивости образцов коллекции твердой пшеницы к двум расам возбудителя листовой (LR) ржавчины (TGTGT, TQTGT), и двум расам стеблевой (SR) ржавчины (QHHSF, THMTF). Выявлены сорта 5-BIL42, Cannizzo, и Orfeo с иммунной реакцией ко всем расам. Также проведен анализ устойчивости в полевых условиях Карабалыкской СХОС и КазНИИЗиР на стадии взрослого растения. Дана комплексная характеристика образцов коллекции по устойчивости к грибным болезням в различных условиях. В результате полногеномного анализа ассоциаций (ПГАА) впервые было идентифицировано 38 ЛКП, связанных с устойчивостью к LR (17 ЛКП) и SR (21 ЛКП) на стадии проростков и взрослого растения твердой пшеницы. Идентифицировано 22 SNP, связанных с устойчивостью на стадии взрослого растения к фузариозу колоса (1), желтой пятнистости (3) и септориозу (19). На основе идентифицированных ЛКП, были разработаны KASP-маркеры. Генотипирование 45 сортов и линий твердой пшеницы селекции Казахстана с использованием 14 KASP-маркеров, выявило сорта и линии твердой пшеницы с наибольшим количеством благоприятных аллелей для устойчивости к ржавчинным болезням. В результате анализа по устойчивости к грибным болезням и компонентам продуктивности выделено 10 перспективных линий твердой пшеницы.