В результате работы был проведен анализ геномов и геномных регионов 4-х вирусов картофеля, Monilinia fructicola и Marssonina juglandis. Были выявлены перспективные регионы геномов вирусных патогенов, расположенных преимущественно в генах, кодирующих РНК-зависимую РНК-полимеразу, нуклеокапсид и TGB1. Перспективными регионами для дизайна праймеров с целью обнаружения Monilinia fructicola и Ophiognomonia leptostyla послужили ITS1- ITS2. Были изучены референсный геном Monilinia fructicola и нуклеотидные последовательности ITS1- ITS2 патогена и выявлены регионы с консервативностью в разрезе вида, но с достаточной вариабельностью для межвидового разделения. Для Ophiognomonia leptostyla было анализировано свыше 50 нуклеотидных последовательностей ITS1- ITS2 и выявлены наиболее подходящие регионы для высокоспецифичной идентификации. Была проведена апробация разработанных тест-систем на 240 образцах растительного материала картофеля, 312 растительных образцах яблони и 72 образцах грецкого ореха. В результате работы было выявлено 23 образца яблони и 12 образцов грецкого ореха, инфицированных Monilinia fructicola и Ophiognomonia leptostyla соответственно. Были разработаны внутренний контроль для анализа качества амплификации и положительные контроли для каждого патогена.