Full Name of the work head: Шевцов Александр Борисович
Исполнители проекта:
: Товарищество с ограниченной ответственностью "Национальный центр биотехнологии"
Inventory number: 0322РК00980
Registration number: 0122РК00356
Keywords: FRANCISELLA TULARENSIS SUBSP MEDIASIATICA,ГЕНОТИПИРОВАНИЕ,ПОЛНОГЕНОМНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ,ТУЛЯРЕМИЯ,ЭПИДЕМИОЛОГИЯ
Были подобраны 3 пар праймеров и флуоресцентных зондов к уникальным для F. tularensis subsp mediasiatica участкам генома, а также 3 пар праймеров и флуоресцентных TaqMan зондов к генетическим маркерам Francisella tularensis. Для подбора универсальных праймеров к генетическим маркерам Francisella tularensis было проведено выравнивание целевых генов штаммов F. tularensis subsp. mediasiatica FSC147, F. tularensis subsp. tularensis SCHU S4 и F. tularensis subsp. holarctica, к консервативным участкам были подобраны праймеры и флуоресцентные зонды. Подбор праймеров и флуоресцентных зондов к F. tularensis subsp mediasiatica проводился на основании выявления уникальных участков при выравнивании полногеномных последовательностей подвидов F. tularensis.
Разработан протокол выявления Francisella tularensis и подвидовой дифференциации F. tularensis subsp mediasiatica, проведена оценка чувствительности и специфичности. Оптимизацию условий ПЦР проводили в градиенте температур, с изменением состава реакционной смеси. В результате был разработан ПЦР протокол, описывающий состав реакционной смеси и условия постановки ПЦР для каждой пары праймеров. Оценка чувствительности была проведена на разведённых ДНК F. tularensis subsp holarctica и F. tularensis subsp mediasiatica. Нижний придел чувствительности 6 пар праймеров варьировал в диапазоне от 15 до 60 геномных копий в реакционной смеси. Проверка специфичности была осуществлена на коллекции образцов ДНК от 23 видов бактерий.