Руководитель проекта: Сандыбаев Нурлан Тамамбаевич
Исполнители проекта:
Организация: Некоммерческое акционерное общество "Казахский национальный аграрный исследовательский университет"
Инвентарный номер: 0322РК00601
Регистрационный номер: 0121РК00266
Ключевые слова: NGS секвенирование,Виром человека,Идентификация вируса,Полимеразная цепная реакция,Респираторные вирусы,Рибонуклеиновая кислота,Филогенетический анализ
За отчетный период секвенированы 50 проб на 6 чипах. Чип №3 показал загруженность 79% с общим количеством оснований 1,69 G и 9575093 ридов. Для чипов №4, 5 и 6 загруженность составляла 18%, 29% и 88%, общее количество оснований 895192, 1112546 и 366742, соответственно.
Загруженность чипа №7 составила 86% с количеством оснований 1,95G и количеством ридов 7612978. Максимальное количество ридов на одну пробу составило 1303150.
Загруженность чипа №8 составляла 91% с 2,0 G оснований и 7746775 ридов.
Анализ полученных последовательностей показало в пробах человеческие нуклеиновых кислот (от 2% до 87%). Присутствие рРНК варьировал от 0,05% до 53%.
Наличие других последовательностей (не хозяина) показало до 98%.
На отчетный период имеются данные по выявлению последовательностей нуклеиновых кислот респираторных вирусов, в частности rhinovirus, human respirovirus, adenovirus и другие.
Проведен анализ последовательностей риновируса. Построено филогенетическое дерево с использованием метода максимального правдоподобия и бутстрап 500 в программе MEGA. Таким образом в пробах № 11, 14, 75, 78, 87 и 109 выявлен human rhinovirus A.
Проводится сборка и анализ последовательностей парагриппа, аденовируса и других респираторных вирусов. В процессе исследований также выявлены бактериофаги респираторных бактерий человека. Работы в данном направлении продолжаются.