Разработаны и синтезированы видоспецифические и универсальные праймеры и зонды: для детекции коронавирусов всех известных групп к локусу Hel гена RdRp; для выявления мутации “23403A>G”(S:D614G); для выявления наиболее важных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) вариантов SARS-CoV-2, определенных ВОЗ в качестве нотифицируемых (VOCs) для альфа (B.1.1.7), бета (B1.351), гамма (B.1.1.248), дельта (B.1.617+) и омикрон (B.1.1.529) вариантов. Проведено ПЦР-типирование положительных на SARS-CoV-2 образцов на различных этапах пандемии в Казахстане. На 50 положительных образах с апреля по сентябрь 2020 года проведен анализ по выявлению мутации 23403A>G”(S:D614G). Выявлен лишь один образец, не содержащий мутацию. На различных этапах развития пандемии на репрезентативной выборке положительных образцов от 200 пациентов проведено типирование по VOCs. Выявлены: 1 бета (B1.351), 37 альфа (B.1.1.7), 25 дельта (B.1.617+) и 39 омикрон (B.1.1.529) вариантов, вариант гамма (B.1.1.248) не выявлен. Для оценки уровней экспрессии субгеномных РНК SARS-CoV-2 были разработаны, синтезированы и очищены: общий форвард-праймер на 5’НТП (для геномной и субгеномных РНК), а также праймеры и пробы для детекции геномной и субгеномных РНК с генов E, M и N. Для 3 пациентов проведена оценка уровней экспрессии субгеномных РНК на различных стадиях болезни по сравнению с уровнем экспрессии с геномной РНК вместе с субгеномными РНК для генов E и N. Статистически значимых отличий выявлено не было.