Проведена биоинформатическая обработка данных полногеномного секвенированя библиотек палео-ДНК с использованием программы EAGER. Самое высокое содержание эндогенной ДНК обнаружено в образце из некрополя Каспан - CPA002 (61,106%). Вместе с тем присутствуют образцы с очень низким содержанием эндогенной ДНК (0,008%-0,097%). Проведен скрининг образцов древней ДНК на наличие ДНК основных референсных таксономических классов патогенных бактерий и вирусов (73 вида) с помощью программного обеспечения HOPS (Heuristic Operations for Pathogen Screening). Данная программа обеспечивает универсальный и быстрый скрининг микробной ДНК из археологического материала с целью выявления кандидатов для последующего анализа на уровне генома. Скрининг древней ДНК на бактериальные позволил подтвердить 12, положительных в отношении Salmonella enterica, образцов. Предварительный анализ образцов, в которых было обнаружено присутствие ДНК Salmonella еnterica, свидетельствует о частоте встречаемости сальмонеллеза на территории современного Кыргызстана. Также, 2 случая обнаружения Salmonella еnterica в древних образцах с территории современного Казахстана, относятся к Алматинской области. Один случай сальмонеллеза отмечен в Центральном Казахстане и один – в Западном Казахстане. Изучение древних геномов бактерии Salmonella enterica, впервые проводится в казахстанском археологическом материале, имеющем историческое значение и относящемся к ключевым культурам I тысячелетий до нашей эры и нашей эры.