Full Name of the work head: Алексюк Мадина Сапарбаевна
Исполнители проекта:
: ТОО "Научно-производственный центр микробиологии и вирусологии"
Inventory number: 0322РК00066
Registration number: 0121РК00286
Keywords: Биоразнообразие,Виром,Каспийское море,Секвенирование,Экорегион
Впервые проводится изучение вирома Центрального экорегиона Каспийского моря. Определены точки отбора водных образцов для изучения биоразнообразия вирусов в регионе Центрального Каспия. Точки отбора соответствовали двум экорегионам Центрального Каспия: транзитный экорегион (1 точка отбора – ZT 44° 33' 28.536'' N 50°16' 00.889'' E) и экорегион континентального шельфа (3 точки отбора – D2_SW 43°05.3'N 51°08.8' E; E2 43°00.5'N 51°09.7' E; F2 42°54.5'N 51°10.5' E). Из каждой точки образцы были отобраны с 3-х горизонтов (поверхностного, срединного и придонного). Проведено концентрирование исследуемых водных образцов для получения тотальных образцов нуклеиновых кислот. Из образцов тотальных нуклеиновых кислот методом shotgun получены 12 метагеномных библиотек, после их секвенирования было получено 24 базы данных, содержащих последовательности левосторонних (R1) и правосторонних (R2) прочтений множественного параллельного секвенирования, каждая из которых содержала от 1 736 472 до 2 530 393 ридов. Сравнительный анализ качества результатов секвенирования, показал, что количество прочтений, не прошедших контроль качества не превышало 8%, за исключением 3 образцов «D2_MW», «F2_SW» и «F2_BW», в которых присутствовало 10% ридов с низким качеством. После удаления сиквенсных адаптеров и ридов не прошедших контроль качества были получены базы нуклеотидных последовательностей для дальнейшей обработки. При этом средняя длина прочтений варьировала от 177 до 275 нуклеотидов.