Метагеномный мониторинг возбудителей вирусных и бактериальных инфекций верблюдов Казахстана
Full Name of the work head: Карамендин Кобей Омертаевич
Исполнители проекта:
: ТОО "Научно-производственный центр микробиологии и вирусологии"
Inventory number: 0222РК00443
Registration number: 0120РК00266
Keywords: Антропозооноз,Бактериальный метагеном,Бактерия,Верблюд,Виром,Вирус
Всего в 2020-2022 от 291 верблюдов Мангистауской, Туркестанской, Северо-Казахстанской, Атырауской, Жамбылской, Алматинской и Кызылординской областей собраны носовые, ректальные смывы и сыворотки крови в количестве 778 проб. Выбраны оптимальные протоколы секвенирования: для твердых материалов рекомендуется протокол SISPA со случайными гексамерами. Для бактериального метагенома эффективен 16S протокол. Исследования вирома показали, что контиги вирусов позвоночных преобладают и выявлены: Circoviridae, Astroviridae, Papillomaviridae, Parvoviridae, Picobirnaviridae, Flaviviridae, Adenoviridae и Hepeviridae. Выявлены ДНК оспы верблюдов. Бактериальный микробиом дромадеров содержал сесейства: Actinomycetales – 21%, Pyrodictiaceae – 12%, Camobacteriaceae – 10%, Moraxellaceae – 9%, lavobacteriaceae – 7%, Planctomyceataceae – 6%, Thermoproteaceae – 5%. Получены чистые культуры клеток Paeniclostridium sordellii. Филогенетические исследования цирковирусов: они оказались ближе к штаммам NG5 и N/2007-3 цирковирусов человека., что имеет потенциальный эпидемический потенциал. Исследования клостридии показывают ее сходство с Clostridium novyi, Clostridium haemolyticum и Clostridium botulinum, являющихся высокопатогенными. При серологических исследованиях, 16 из 249 образцов от верблюдов, 6,42% были положительными против IgG вируса гепатита Е, что говорит о существующей опасности для человека. Серологические исследования на MERS коронавирус показали отрицательные результаты.