В исследуемый период было собрано 1149 биологических образцов от четырех видов летучих мышей (Vespertilio murinus, Nyctalus noctula, Myotis blythii, Eptesicus serotinus). Превалентность коронавируса среди летучих мышей в Алматинской области составила 100%, Атырауской области 18,18%, Актюбинсокй области 13,92%, Западно-Казахстанской области 5,16%, Туркистанской области 1,39%, в Кызылординской области 0,66%. Инфицированность летучих мышей вида Vespertilio murinus составила 0,85%, Eptesicus serotinus 9,94%, Myotis blythii 27,27%. Филогения RdRp гена 12 образцов позволило отнести их к альфакоронавирусов, и разделить на две группы. Превалентность вируса бешенства среди летучих мышей в Северо-Казахстанской области составила 12,77%, Атырауской области 17,02%, Актюбинсокой области 1,64%, Западно-Казахстанской области 11,11%, Туркестанской области 5,08%, в Жамбылской области 10,0%. Инфицированность летучих мышей вида Vespertilio murinus составила 7,28%, Eptesicus serotinus 8,74%. Филогенетический анализ последовательности N гена OP585396 KZ(West)/bat/111/2021 показал его близкое родство с изолятами из группы вирусов бешенства Cosmopolitan (Central Asia). РНК морбилливирусов в 23 (5,85%) биообразцах от летучих мышей. Превалентность морбилливируса среди летучих мышей в ЗКО составила 20,7%, Кызылординской области 7,5%, Туркистанской области 6,8%. Инфицированность летучих мышей вида Vespertilio murinus составила 4,0%, Eptesicus serotinus 7,1%, Nyctalus noctula 14.3%.