Улучшение протоколов генотипирования бруцелл в высоко эндемичных регионах на основе полногеномных данных
Full Name of the work head: Шевцов Александр Борисович
Исполнители проекта:
: Товарищество с ограниченной ответственностью "Национальный центр биотехнологии"
Inventory number: 0222РК00344
Registration number: 0120РК00021
Keywords: BRUCELLA ABORTUS,BRUCELLA MELITENSIS,ГЕНОТИПИРОВАНИЕ,ПОЛНОГЕНОМНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ,ФИЛОГЕНИЯ
В результате проведенных исследований: получены данные полногеномного се-квенирования ДНК 156 штаммов B. melitensis на основании ранее полученных результа-тов MLVA генотипирования 1400 штаммов; построены MST деревья по данным wgSNP 49 B. abortus. Пополнена коллекция ДНК штаммов B. melitensis и B. abortus выделенных от людей и животных в период 2018-2021 годы. Проведено MLVA-16 генотипирование 1000 штаммов, собранных в период 2018-2021 годы. Выявлены генетические маркеры (VNTR, SNP), позволяющие дифференцировать штаммы в различных географических ре-гионах Азии и Казахстана. Построены филогенетические деревья по данным wgSNP 156 штаммов B. melitensis. Филогенетический анализ кластеризовал штаммы B. melitensis, циркулирующие в Казахстане в три подлинии meliEg, meliEh и meliEi группы «Восточно-го Средиземноморья». Было идентифицировано 38 однонуклеотидных полиморфизмов и 18 VNTR локусов, обладающих дискриминацией среди штаммов B. melitensis, циркули-рующих в Казахстане.
