Показано, что изменение характера связей между элементами в системе может привести к возникновению нетривиальных, в том числе иерархических структур и ускоренной эволюции системы. Разработаны основы теоретического формализма, основанного на рассмотрении потоковых равновесий, предназначенного для описания стационарных систем произвольной природы, далеких от состояния равновесия. Построена общая математическая модель генерации информации в сложных эволюционирующих системах с использованием аналогии с нейронными сетями на основе модифицированных нейронных сетей, не требующих использования процедуры обучения. Предложен принцип записи информации в системы молекулярного уровня при помощи изменения макроскопических (термодинамических) параметров. Опровергнут тезис о логической непрозрачности нейронных сетей.