Исследованы методы государственного и рыночного механизма управления экономикой АПК в условиях индустриально-инновационного развития страны. Разработана методика определения маржинального дохода и пороговых точек развития сельскохозяйственных организаций-основных показателей рыночной эффективности аграрного производства для практического использования. Предложены меры налогообложения субъектов АПК на примере Алматинской области. Даны рекомендации по использованию механизмов интеграции в агропромышленной сфере Казахстана. По определению оптимальных пропорций государственного и рыночного управления экономикой АПК региона. Сформирована стратегия повышения эффективности управления агропромышленным комплексом региона.