Определена численная характеристика гетеротрофных бактерий в составе микрофлоры сеголеток форели, тиляпии и сиговых рыб. Дана оценка состоянию акватории рыбоводных ферм с разным периодом работы с помощью санитарно-показательных микроорганизмов, кормам по влиянию на состав микрофлоры и развитию водных сапрофитных бактерий. Установлено, что в базовых рыбоводных хозяйствах угрозы возникновения паразитарной эпизоотии нет. Разработана рекомендация по определению паразитов рыб на рыбоводных хозяйствах. Усовершенствована актуализация нормативно-методической документации по профилактике и борьбе с болезными рыб в рыбоводных хозяйствах Казахстана.