Создан банк ДНК всех собранных образцов. 17 микросателлитных маркеров, использованных в генетическом анализе культурных сортов, проявили 100 % полиморфизм, с числом аллелей от 10 до 27, что позволяет выявлять межсортовой полиморфизм. В общей сложности зарегистрировано 238 аллелей. Выявлены различия в генотипах в образцах некоторых сортов яблони. Впервые использован молекулярно-генетический подход с использованием маркеров, основанных на хлоропластной ДНК, для характеризации сортов казахстанской селекции яблони в сравнении с рядом европейских сортов. Исследованные образцы сортов яблони домашней по спейсерному участку psbA_trnH2 и по маркеру, основанному на фрагменте гена matK, разделились на три гаплотипа: 186/382, 186/400, 204/382. Данные по 17 микросателлитным и 2 хлоропластным маркерам использованы для создания генетических паспортов 71 сорта яблони. Проведен молекулярно генетический анализ 71 сорта яблони домашней и 312 образцов дикой яблони из 12 популяций Казахстана по двум наиболее информативным маркерам, связанным с устойчивостью к бактериальному ожогу. Выявлены сорта и генотипы диких яблонь, имеющих один или оба локуса, связанных с устойчивостью к болезни.