В результате мониторинга болезней листовых пятнистостей (БЛП) установлено, что в Алматинской области развитие септориоза составляло от 0,1 до 13,3%, а распространение - от 11 до 92%. В Южно-казахстанской области развитие болезни не превышало 3,8%, а распространение септориоза достигало 41%. В Северо-Казахстанском регионе развитие септориоза листьев варьировало от 0,38% до 4,62%, а распространение - в пределах 32-82%. Распространение пиренофороза Севере Казахстана варьировало от 24 до 74%, а вредоносность - от 0,26 до 2,6 %. Проведен сбор биоматериала патогена из северных регионов РК и сформирован гербарный материал, состоящий из 242 образцов P. nodorum и P. tritici-repentis. На основе изучения БЛП пшеницы в контрастных регионах Казахстана идентифицировано разнообразие возбудителей БЛП. В результате полевого фитопатологического скрининга сортов пшеницы выделено 74 сорта, устойчивых к септориозу и 76 сортов, устойчивых к пиренофорозу. На основе молекулярного скрининга генотипов пшеницы с использованием SSR маркеров, сцепленных с генами нечувствительности к токсинам пиренофороза Ptr ToxA и септориоза SnToxA, идентифицированы носители эффективных генов tsn1 и snn1. Изолировано 9 моноконидиальных изолятов гриба P. tritici-repentis, идентифицированных, как относящиеся к расам 1 и 2. Показано, что 83,3% изолятов популяции гриба в Алматинской области представлены расой 1, а 17,7% изолятов - расой 2. Более вирулентной оказалась раса 1 P. tritici-repentis. Установлено, что изоляты септориоза из Алматинской области, относятся к возбудителю Septoria tritici вирулентность к 12 сортам (54,5%). В качестве исходного материала в селекции на устойчивость к пиренофорозу и септориозу рекомендуется использовать отобранные устойчивые к болезням образцы пшеницы, а выделенные патотипы БЛП - для создания инфекционного фона.