Метагеномный анализ вирусов болезни Ньюкасла, циркулирующих на территории Республики Казахстан, и разработка принципов прогнозирования возникновения новых опасных для птицеводства Казахстана вирусных штаммов
Full Name of the work head: Саданов А.К.
Исполнители проекта: Богоявленский А.П.
: Институт микробиологии и вирусологии
Inventory number: 0215РК00692
Registration number: 0115РК01096
Keywords: Парамиксовирус*Болезнь Ньюкасла*Метагеномика
С привлечением международных баз данных проведено изучение эволюционной изменчивости различных генотипов вируса болезни Ньюкасла. Показано, что на территории Казахстана возможно параллельное существование эволюционных изменений нескольких генотипов вируса, что является теоретическим обоснованием необходимости метагеномного изучения штаммов вируса болезни Ньюкасла. Предварительные метагеномные исследования образцов окружающей среды показали, что среди обнаруженных фрагментов генома парамиксовирусов птиц 64% последовательностей соответствовало PMV1, а остальные PMV 2-12. При этом среди серотипов 2-12 с максимальной частотой встречались последовательности PMV4, 8 и 9. В экспериментах по изучению вырожденности праймеров и способности получать ампликоны заданной величины из 24 пар праймеров было отобрано 3 пары праймеров для получения фрагментов генов вируса болезни Ньюкасла, размером от 501 до 600 нуклеотидов. За исследуемый период собрано 245 трахеальных и клоакальных смывов, получено 4 препарата нуклеиновых кислот для метагеномного исследования вируса болезни Ньюкасла.. Отработаны условия получения матриц генов вируса болезни Ньюкасла и получены фрагменты генов из различных образцов для проведения метагеномных исследований.