Применение системы молекулярно-эпидемиологического мониторинга для контроля над нозокомиальным распространением лекарственно-устойчивых штаммов M. tuberculosis как причины обострения и рецидива среди госпитализированных больных
Руководитель проекта: Айтхожина Н.А.
Исполнители проекта: Скиба Ю.А., Мальцева Э.Р.
Организация: Институт молекулярной биологии и биохимии им. М.А.Айтхожина
Инвентарный номер: 0215РК01353
Регистрационный номер: 0115РК01137
Ключевые слова: типирование*сполиготипирование*штаммы*молекулярно-эпидемиологический мониторинг*лекарственная устойчивость
Исследованы клинические изоляты M. tuberculosis. Из клинических изолятов микобактерий выделены образцы ДНК, которые разделены на 2 части: для хранения в коллекции при -80{o}С и для проведения молекулярно-генетических исследований. Все полученные изоляты оценены на устойчивость к применяемым в терапии туберкулеза антибиотикам 1-го и 2-го рядов. Все образцы рассортированы, помечены уникальными кодами и внесены в электронный каталог. Сформирована и неоднократно проверена выборка для типирования. Оценка качества выделенной ДНК и их пригодность для дальнейшего типирования проведены предварительным экспресс-типированием с применением системы маркеров, специфичных для генетических семейств Beijing и LAM. Проведено генетическое типирование 247 клинических изолятов по 24 вариабельным локусам. В результате кластерного анализа 247 генетических профилей были сгруппированы в 27 кластеров, включающих более одного изолята. Уровень кластеризации для изучаемой выборки составил 0,603. Выявлено 98 типов профилей. Установлено, что в данной выборке изолятов преобладал генотип 244233352644425153353823 (106 образцов), который с высокой вероятностью соответствует генетическому семейству Beijing, тип 94-32. Выявлено, что из 247 изолятов к генетическому семейству Beijing относятся 187, к семейству LAM - 25, URAL - 10, Haarlem - 7, KAZ-1 - 14, принадлежность одного изолята к какому-либо генетическому семейству установить не удалось по причине смешанного генотипа. Для ряда образцов установлено наличие двойных аллелей в некоторых локусах, что свидетельствует о присутствии в образце нескольких генетически отдаленных штаммов. Проведенное исследование позволило установить, что для 17 пациентов генетические профили культур, полученных от них в разное время, не совпадают по ряду локусов, что свидетельствует о смене возбудителя инфекции. Впервые удалось выявить появление и распространение нового для территории Центрально-Азиатского региона штамма. Установлено, что идентичный генотип микобактериальных культур, полученных от 3 пациентов, принадлежит генетическому семейству LAM встречающемуся в Казахстане, однако данный конкретный подтип циркулирует в основном в Латинской Америке и ранее за период 10 летних исследований не был выявлен ни в Казахстане, ни на территории ближнего зарубежья.