ДНҚ-ның сезімталдылығы жоғары технологиялар экстремалды және изотермикалық амплификациясы негізінде ет-сүт шикізаты мен өнімнің сандық және сапалық құрамын детекциялау
Руководитель проекта: Календарь Руслан Николаевич
Исполнители проекта: Календарь Р.Н., Аменов А.А., Данияров А.Ж.
Организация: Национальный центр биотехнологии Республики Казахстан
Инвентарный номер: 0218РК00259
Регистрационный номер: 0118РК00925
Ключевые слова: "МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ, БИОИНФОРМАТИКА, МОБИЛЬНЫЙ
ЭЛЕМЕНТ, ПИЩЕВАЯ БЕЗОПАСНОСТЬ, КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ И
КАЧЕСТВЕННЫЙ АНАЛИЗ
"
"Объекты исследования являлись сельскохозяйственным растения, животные, птица и рыба.
Цель работы - является разработка нового высокочувствительного экспресс-метода определения качественного видового состава мясомолочной продукции, на основе детекции высококопийных видоспецифичных ретротранспозонов и других многокопийных последовательностей, для контроля и оценки пищевой биобезопасности пищевых продуктов и сырья.
Методы исследования: молекулярной биологии, геномики и биоинформатики. Для детекции видоспецифичной ДНК животных, разработаны праймеры и пробы для изотермической и экстремальной цепной амплификации ДНК. Количественная оценка видового состава будет проводиться с использованием флуоресцентной пробы при участии полимеразной реакции с высокоточной ДНК полимеразой.
В качестве основного оборудования использовали оборудование для ПЦР, камеры для ДНК-электрофореза, гельдокументирующая система, спектрофотометр, бидистиллятор, холодильники, термостаты, центрифуги, сушильные шкафы, весы, автоклав, магнитные мешалки, рН-метр, компьютер.
В результате исследования был проведен биоинформационный анализ нуклеотидных последовательностей высококопийных LTR-ретротранспозонов и многокопийных рибосомальных рРНК генов растений. Идентифицированы и аннотированы мобильные элементы девяти видов рода Solanum. Были созданы de novo базы данных последовательностей LTR и проведена оценка содержания их геномов. Идентифицированы полноразмерные LTR-ретротранспозоны.
Последовательности рибосомальных генов рРНК для некоторых растительных видов были размещены в Генбанке NCBI под номерами: MH628291-MH628298, MH744122.
Были подготовлены 2 публикации в рецензируемые журналы и, цитируемые в базе Scopus:
1.Kalendar R., Amenov A., Daniyarov A. Use of retrotransposon-derived genetic markers to analyze genomic variability in plants // Functional Plant Biology. - 2018. - Т. 45, № 10. - C. 1-10. doi: 10.1071/FP18098 (Scopus CiteScore2017 = 2.45)
2.Vuorinen A., Kalendar R., Fahima T., Korpelainen H., Nevo E., Schulman A. Retrotransposon-Based Genetic Diversity Assessment in Wild Emmer Wheat (Triticum turgidum ssp. dicoccoides) // Agronomy. - 2018. - Т. 8, № 7. - C. 107. doi: 10.3390/agronomy8070107 (Scopus CiteScore2017 = 2.38)
Область применения: биотехнология, санитарная эпидемиологическая безопасность, ветеринарные, таможенных службы, судебно-медицинская экспертиза."
