Разработка и тестирование новых силовых полей молекулярной динамики
Full Name of the work head: Байгарин К.А.
Исполнители проекта: Маткаримов Б.Т.*
: Nazarbayev University Research and Innovation System
Inventory number: 0214РК02805
Registration number: 0113РК01120
Keywords: атомные силовые поля*неявный учет водного окружения*программное обеспечение молекулярной динамики*моделирование биологических макромолекул*расчет молекулярных кристаллов*
Рассмотрены эффективные технологии молекулярной динамики и моделирования биологических макромолекул. Создана база данных молекулярных кристаллов для разработки и тестирования силовых полей, получены аналитические формулы и процедуры расчета энергии и сил невалентных взаимодействий в молекулярных кристаллах, программный пакет для расчета характеристик молекулярных кристаллов. Разработаны процедуры оптимизации для расчета силовых полей с учетом многоатомных взаимодействий. Найдены оптимальные параметры нового силового поля с многоатомными взаимодействиями, аналитические формулы многоатомных взаимодействий и реализованы многоатомные взаимодействия с оптимальными параметрами силового поля в программном пакете молекулярной динамики PUMA. Проведены численные эксперименты молекулярной динамики для иммуноглобулинсвязывающего домена белка L (бактерия Peptostreptococcus Magnus) и амилоидообразующих пептидов.*
