Геномный и транскриптомный профиль рака пищевода
Full Name of the work head: Исаева Р.Б.
Исполнители проекта: Акильжанова А.Р.*
: Частное учреждение Центр наук о жизни
Inventory number: 0214РК02513
Registration number: 0114РК00487
Keywords: рак пищевода*плоскоклеточный рак*транскриптом*высокопроизводительное секвенирование*генетика рака пищевода*
Апробированы и внедрены методы подготовки РНК библиотек для высокопроизводительного секвенирования полного транскриптома на платформе HiSeq 2000. Проведено секвенирование полных транскриптомов нормальной и опухолевой тканей. Проведен биоинформатический анализ данных. Проведен анализ дифференциально экспрессированных генов специфичных для казахских пациентов в нормальной и опухолевой тканях. Применили математический метод (МГК) для извлечения биологических сигналов из данных по экспрессии, а также для оценки качества образцов путем разделения в пространстве генов. На основе списка дифференциально экспрессированных генов и результатов применения МГК построили биологическую сеть репрезентативных функционально обогащенных процессов. *
