Собраны образцы листьев 349 индивидуумов диких яблонь в двенадцати популяциях семи регионов Казахстана: Заилийского Алатау, Кетмень, Джунгарского Алатау, Тарбагатая, Чу-Илийских гор, Хребта Каратау и Таласского Алатау. Составлена карта точного местоположения каждого исследуемого дерева. Создан ДНК банк всех собранных образцов. Проведен генетический анализ дикой яблони по семи SSR локусам. Анализ по методу AMOVA показал 12 % географической изменчивости между исследуемыми регионами, что выше, чем между популяциями внутри региона (9 %). Внутрипопуляционный полиморфизм составил 79 %, что является характерным для перекрестноопыляющихся растений. Результаты AMOVA, также подтверждаются дендрограммой основанной на генетическом расстоянии по Нею. Наблюдается четкое разделение по регионам. Коэффициент корреляции теста Мантеля составил R2 = 0,549 (P < 0,0001), что подтверждает взаимосвязь географического и генетического расстояния. Все исследованные популяции яблони Сиверса дифференцируются на 3 близко расположенных класса, в значительной степени соответствующих их месторасположению на карте. При этом популяции двух регионов Заилийского Алатау и Джунгарского Алатау разделены наиболее четко, в то время как две популяции Хребта Каратау и Таласского Алатау несколько отделены от двух регионов. Это еще раз подтверждает наличие географической изоляции между тремя метапопуляциями дикой яблони Казахстана. Также характерным признаком для каждого из регионов является определенный пул редких аллелей. Наибольшее количество уникальных аллелей приходится на популяции Заилийского Алатау. Таким образом, существует возможность определения принадлежности образца дикой яблони к той или иной популяции, либо к региону.*