Предложен оригинальный подход, к задаче разметки последовательности, основанный на паттернах. Получены методы вывода и обучения для условных и случайных полей, основанных на паттернах. Рассмотрены иерархические CRF на паттернах и параметризация CRF с ядерными функциями. Предложено обобщение CRF на паттернах на случай нелокальных взаимодействий, описываемых контекстно-свободными грамматиками специального вида. Выполнен компьютерный анализ структурных данных комплексов репарационных белков с поврежденной дуплексной ДНК.*