Исследованы эффективные технологии предсказания конформационной структуры протеина на основе аминокислотной последовательности. Предложен оригинальный подход, к задаче разметки последовательности, основанный на паттернах. Получены методы вывода и обучения на условных случайных полях на паттернах. Методы обучения проанализированы с помощью методики запросов минимумов интервалов.