Проведен комплексный анализ геоморфологических, климатических, гидрографических и почвенных характеристик. Определен Флористический состав, показана ресурсная значимость растительных сообществ и составлена геоботаническая карта. Проведено картографирование экосистем запланированной для исследования в 2011 г. проектной территории. Дана характеристика животного мира наземных и аквальных экосистем, выделены ключевые, редкие, исчезающие и биоиндикаторные виды животных и растений. Проведено картирование экосистем Илийской впадины от границы с КНР до плато Итжон и р. Каскелен. Определены значения ИНС для речных аквальных экосистем по состоянию их рыбного населения. Проведены экотоксикологические исследования некоторых наземных и аквальных экосистем с использованием биоиндикационных методов. Определено значение экосистем для сохранения биоразнообразия и выделены антропогенные факторы, представляющие угрозу сохранению биоразнообразия.