Биологические риски связаны с непредсказуемостью места встраивания чужеродного гена в геном реципиента, нестабильностью интродуцированных фрагментов ДНК, нарушением механизмов регуляции функционирования генома, особенностями векторных систем, копийностью и эффективностью экспрессии встроенного гена. При агробактериальной трансформации рекДНК на основе Т-ДНК непредсказуемо встраивается в случайные участки разных хромосом. Поэтому каждый трансформант сугубо индивидуален по месту интродукции гена и количеству его копий. Активность экспрессии чужеродного гена преимущественно зависит от положения встроенного гена в геноме. Большое значение имеет также расстояние гена от промоторов, а также усилителей или глушителей транскрипции.