В восточной части Зайсанской котловины выявлены псаммофитнокустарниковый, псаммофитнополынный, многолетнесолянковый, полынный, кустарниковый, саксауловый, пойменный эколого-физиономические типы растительности. Среди псаммофитнокустарниковой растительности преобладают жузгуновые и копеечниковые сообщества. Псаммофитнополынная растительность формируется сообществами песчаной полыни. Многолетнесолянковая растительность представлена сообществами галофитных полукустарничков. Полынная растительность господствует в равнинах. Кустарниковая растительность распространена в предгорьях, саксауловая - в северо-восточной части котловины, по склонам увалов и сопок. В долинах и дельтах рек Черный Иртыш и Кальджир распространена пойменная растительность (лесная, кустарниковая, луговая). Распределение растительных сообществ в Черноиртышских песках зависит от форм рельефа, степени перевеянности, засоления почв межгрядовых понижений и глубины залегания грунтовых вод.