Водоемы характеризуются высоким содержанием общего фосфора и низким содержанием ионов аммония, нитритного и нитратного азота. По содержанию цинка, меди, кадмия, хрома и никеля вода умеренно загрязненная. Приоритетным загрязнителем является железо с превышением ПДК в 14 раз. Уровень накопления цинка, меди и кадмия в органах и тканях рыб соответствует нормативам. Также низок уровень накопления металлов в органах и тканях индикаторных видов млекопитающих. Зоопланктон среднего течения Или представлен 74 видами, верхнего течения - 103 видами. Рыбы с патологией внутренних органов обнаружены в пойменных озерах верхнего участка казахстанской части р. Или. Показатели крови и костного мозга представителей индикаторного вида млекопитающих - лесной мыши соответствуют средним показателям и близки к норме.