Объект исследования: системы управления различного масштаба (от отдельных хозяйственных субъектов до уровня агропромышленного комплекса области, региона) с учетом развития рыночных отношений в условиях неблагоприятной экологической обстановки. Цель: разработка методики оценки эффективности существующих организационных структур управления наиболее распространенных форм хозяйствования, системы мероприятий, направленных на повышение коммерческого, экологического эффектов хозяйственной деятельности. Рассмотрены методологические подходы, изучены критерии и категории, выявлены достоинства и недостатки существующих методов, предложена методика анализа структур и оценки их рациональности на основе исследования информационных потоков. Организация маркетинговых исследований осуществлена применительно к рынку сельскохозяйственных продуктов, предложен механизм его изучения.