Освоение современных методов анализа ДНК позволило учёным открыть тысячи новых видов микроорганизмов . В научном сообществе остро встал вопрос названий и идентифтикации новых микробов.

Избежать хаоса и систематизировать полученные результаты позволит метод на основе протокола SeqCode, который предполагает присвоение названия открытым бактериям и другим прокариотам, основываясь на последовательности их ДНК.

На данный момент процедура признания и идентификации новых видов микроорганизмов достаточно длительна и трудоемка.
В соответствии с протоколом Международного кодекса номенклатуры (ICNP) для получения подтверждения для нового вида бактерий или прокариот учёным необходимо вырастить данный вид в лабораторных условиях и представить его «образец» в живом или замороженном виде в как минимум два мировых хранилища и опубликовать описание открытия в определенном научном издании.

С развитием методов секвенирования ДНК ситуация изменилась. Стало возможным секвенирование отдельных ДНК и сравнивание их с ДНК в существующих базах данных. Это позволяет идентифицировать сиквенсы (последовательность генетического кода) микробной ДНК, не принадлежащих ни одному известному прокариоту. При этом «собрать» весь геном не всегда удается. В результате уже более 5000 микроорганизмов, идентифицируемых только по их ДНК, ожидают своего признания и идентификации. Это большая проблема, так как следование существующим процедурам может растянуть этот процесс на достаточно длительное время. Да и придумать каждому из этих видов свое уникальное название тоже не просто.

Протокол SeqCode позволяет подать заявку на сайт с вложением депонированного сиквенса ДНК. Программа проверяет его уникальность, сравнивая со всеми имеющимися базами данных и генерирует название на основе определенных правил. Необходимость представления культивированных образцов при этом отпадает.

У предложенного метода много противников и скептиков. Многие ученые считают, что пока микроорганизм не выращен физически и не идентифицирован лабораторно, говорить о новых видах рано. Это гипотетические организмы, реальность которых описана только теоретически.
Микробиологи разделились на два лагеря: поддерживающих действующую систему идентификации новых микроорганизмов на основе методологии ICNP и новаторов, использующих современные информационные технологии для обработки метаданных через программы SeqCode.
Ближайшее будущее покажет, как будет развиваться микробиология. Пока эти два метода будут действовать одновременно и исследователи смогут оценить недостатки и преимущества каждого.

https://www.science.org/content/article/microbiologists-propose-new-dna-based-naming-system-microbes?utm_source=sfmc&utm_medium=email&utm_campaign=DailyLatestNews&utm_content=alert&et_rid=775083930&et_cid=4407287